Lo sviluppo della nuova Provincia fu estremamente rapido. Sul finire del secolo XVII essa contava già oltre trecento religiosi e 22 conventi ben organizzati. Gravi disagi però si aggiungevano anche alla vita normale per tutta la Provincia cosi fiorente, ma anche estremamente estesa. Il territorio era immenso: la viabilità era spesso inesistente, i conventi distanti l'uno dall'altro.
Nello stesso tempo la Provincia in pratica era divisa in due parti con le due Custodie di Sassari e Cagliari con rispettive organizzazioni ben complete di tutto.
Per il bene delle anime, per il più proficuo lavoro nell'apostolato, per il numero più che sufficiente, erano ormai circa 400, di religiosi nelle due Custodie si propose perciò di smembrare la Provincia in due nuove Province. Su richiesta quindi del Provinciale P. Francesco da Gavoi al Card. Protettore e con la mediazione del Re Carlo II di Spagna presso la Santa Sede, finalmente si ebbe il Breve Pontificio del 5 aprile 1694 di Innocenzo XII che autorizza lo smembramento de Provincia.

I Superiori Generali con Breve del 6 agosto 1695 diedero l'incarico ai P. Giancarlo da Milano, quale Commissario Generale, per procedere alla divisione. Il detto Padre visitò tutti i conventi, ascoltò tutti i frati e quindi convocò e presiedette il Capitolo nel convento di Oristano il 23 aprile 1697.

Al posto della vecchia Provincia furono create la Provincia Calaritana e la Provincia Turritana, con Patroni S. Efisio per la Calaritana e S. Gavino per la Turritana. Furono eletti due Provinciali con relativi Definitori e Custodi. Furono assegnati i conventi:
a) per la Turritana : Sassari Valverde, Alghero, Bolotana, Ozieri, Bosa, Bitti, Sorso, Ploaghe, Nulvi, Cuglieri (Tempio).
b) per la Calaritana : Cagliari Sant'Antonio, Cagliari San Benedetto, Iglesias, Oristano, Saniuri, Villasor, Barumini, Quartu S. E., Masullas, Nurri (e Ghilarza e Sorgono).
I nuovi Superiori furono:
1) Turritana :
Provinciale: P. Francesco da Gavoi
Definitori: PP. Giuseppe da Thiesi, Antonio da Nulvi, Antonio da Bosa Serafino da Gavoi
Custode: PP. Salvatore da Sassari e Gian Francesco da Nulvi.
Maestro dei novizi: P. Paolo da Nubi

2) Calaritana :
Provinciale: P. Tommaso d'Ardauli
Definitori: PP. Tommaso da Gergei, Giuseppe da Nuraminis, Antonio d'Ardauli e Girolamo da Iglesias
Custodi: PP. Serafino da Sorradile e Agostino da Laconi
Maestro dei novizi: P. Antonio d'Ardauli

I Cagliaritani ritenevano per sé il Capo di Sotto, delimitati gli uni dagli altri da una linea immaginaria, che andava traversalmente da Bolotana a Bosa.
Altresì dobbiamo tener conto della data di costituzione e di quella di soppressione (1697-1867).

La Provincia subì due soppressioni: una dall'esterno, nel 1866, imposta dallo Stato; l'altra dall'interno, nel 1890, disposta dalla Religione. Ben nota e famosa la prima; oscura e pressoché incognita la seconda.
Con la legge Pisanelli del 1866, applicata in Sardegna, almeno nei confronti dei Cappuccini, nel 1867, lo Stato Italiano travolgeva le Corporazioni dei Regolari, negando alle stesse esistenza giuridica; ne chiudeva le case, incamerava i beni, disperdeva i membri. Non sfuggiva alla comune sventura la Provincia Cagliaritana dei Cappuccini.

Ma la legge dello Stato non operava, né poteva operare che nell'ambito della competenza statuale. Ne seguì che la Provincia nostra, giuridicamente estinta nell'ambito dell'Ordinamento Italiano per effetto della soppressione, seguitò a godere giuridica esistenza nell'Ordinamento Canonico della Chiesa e in quello particolare dell'Ordine Cappuccino, conservando intatte e la struttura e le funzioni e le finalità. La Provincia Cagliaritana, dunque, nel 1867 fu e non fu soppressa.