Con lo stabilirsi delle prime due comunità in Sassari e Cagliari, ebbe principio la vita regolare e canonica del nuovo Commissariato. Per vari anni i cappuccini, austeri, intraprendenti, altamente spirituali e apprezzati dai popolo, furonogovernati da un Commissario che lavorò sempre a tempo pieno e con dedizione altamente francescana, per lo svolgimento della missione propria dei cappuccini, con l'organizzazione e l'apertura di nuovi conventi. Il primo Commissario fu P. Zefferino. Tra i nativi il primo e unico Commissario fu P. Antonio da Castelsardo, che governò interinalmente al posto del P. Gabriele da Mandola che non poté raggiungere la destinazione in Sardegna, giacché sembra durante l'attraversata tra Genova e Cagliari fu catturato dai pirati di Zingali e portato schiavo ad Algeri. Riscattato con fondi raccolti a Cagliari da parte del P. Antonio da Castelsardo dopo tre anni, il Commissario P. Gabriele anche come segno di riconoscenza, scelse Cagliari come suo convento e ultima dimora.
L'ultimo Commissario fu il P. Stefano da Camerota (Salerno). Al suo arrivo trovò 5 conventi con circa 70 frati, oltre ad altri conventi già accettati o in via di costruzione. Lavorò perciò intensamente perché la Sardegna fosse nominata Provincia. Nel 1608 i religiosi erano ormai 84. Il Vicario Generale dall'ordine P. Silvestro d'Assisi, dopo la visita ai conventi e frati da parte dello stesso P. Stefano, nominato Visitatore Generale, riuniti a Cagliari i Padri Capitolati nel gennaio 1608 nominò il Commissariato Provincia di Sardegna . Lo stesso P. Stefano fu eletto a pieni voti Provinciale e gli furono affiancati quattro Definitori: P. Nicolò da Sorso, P. Antioco da Iglesias, P. Serafino da Cagliari e P. Antonio da Castelsardo.
Da allora cominciarono a celebrarsi regolarmente i Capitoli Provinciali ogni tre anni. Il primo Provinciale nativo dall'isola fu P. Serafino Schirru da Cagliari. Data pero la vasta estensione e la difficoltà di comunicazione , furono istituite due Custodie : Cagliari e Sassari con due noviziati e relativi studentati. Furono anche nominati due Custodi Provinciali: P. Antonio da Castelsardo per Sassari, e P. Serafino da Cagliari per Cagliari, che godevano assieme al Provinciale del diritto di partecipare al Capitolo Generale. Organizzata la Provincia, le vocazioni cominciarono a diventare sempre più numerose.
La Provincia con la generosità e l'impegno di tanti ottimi cappuccini, di cui alcuni venuti anche da altre Province Monastiche, rispecchiò la vita semplice e rigida dei frati della Riforma, fatta di orazione assidua, di salmodia a mezzanotte, penitenze, estrema povertà nell'abito e nei conventi, di vita esemplare e d'apostolato, oltre che nell'osservanza regolare. L'antica Provincia di Sardegna ebbe come Santo Protettore S. Gavino Martire.